有天，水果奶奶在拜訪哇嚕途中，不小心在山林中迷了路，一隻神祕白鹿出現，引領水果奶奶誤闖不為人知的妖怪結界，並意外成為妖果小學堂的新老師。
學堂裡的小妖來自妖怪世界不同的家族，庫倫（電）、火猴（火）、艾里（風）、嘎嘎（巨人），對於人類的到來大家覺得相當不安，合謀千方百計捉弄，想將水果奶奶逐出妖怪世界，超能小妖們無論使出多少妖力卻老是無法得逞，幾次衝突之後，水果奶奶終於巧妙收服了小妖們的心，並與大家成為默契十足的好朋友。
然而，繽紛美麗的妖界並不平靜，流傳已久的可怕預言即將發生，隱身黑暗伺機而動的巨魔妖數度攻擊眾人，甚至將白鹿爺爺擄走，挫敗焦慮的小妖在奶奶的陪伴下，滿懷勇氣接受困難重重的修煉，與水果奶奶攜手對抗可怕的巨魔妖，試圖阻止毀滅妖界的末世預言。

【關於電影】

公共電視延續經典兒童節目《水果冰淇淋》23年來為孩子說故事的初衷，將節目主持人水果奶奶從真人演出轉為3D動畫角色，融合臺灣島上400多年精彩的妖怪文化傳說以及豐富的臺灣水果物產特色，由百人原創團隊合力製作出冒險奇幻動畫電影《妖果小學-水果奶奶的大秘密》，希望陪伴台灣的孩子一起成長，並定檔於2022年1月21日進軍大銀幕，陪伴大小朋友一起過寒假！